Em X-Men 2, podes escolher cinco membros de entre uma lista de quinze diferentes X-Men, depois com eles persegues um par de vilões (especificamente, membros de Freedom Force - a maioria dos quais pertenciam até faz pouco à Irmandade de Mutantes Malvados). Uma vez que tenhas capturado passas ao seguinte nível. Soa simples, mas há uma grande variedade de inimigos que se interpõem entre entre ti e os vilões principais. Há itens de saúde dispersos ao longo dos níveis, mas muitos deles funcionam unicamente em personagens específicos, e encontrar os vilões é extremamente difícil.
O caminho para teu objectivo algumas vezes está bloqueado por armadilhas (que podem ser desactivadas por alguns personagens) e paredes. Em cada área há dois vilões, o primeiro indicando-te onde encontrar o outro. Adicionalmente, cada área está dividia em três níveis.
Existem dois modos de combate: um por turnos que representando os inimigos e aliados com retratos e outro em tempo real estilo arcada em vista lateral onde unicamente controlas o personagem que se encontra activo. Todos os personagens têm dois ataques, um fraco e um forte, e alguns podem atacar de longe.
O jogador conduz os X-Men por níveis em forma de labirinto tentando encontrar os vilões dentro do limite de tempo de uma semana por área (em escala de tempo do jogo), mas que inevitavelmente num beco sem saída. É aqui onde as habilidades de certos personagens entram em jogo, tais como destruir muros, tele-transporte, ou atravessar matéria sólida. O jogo implementa um ciclo de dia/noite, com visão do jogador sendo reduzida durante a noite.
A presença de um gerador de níveis aleatórios e um editor de mapas dão ao jogo uma alta rejogabilidade.
Os sons internos de PC são decentes, ainda que ocasionalmente desapareçam. Os gráficos são maioritariamente bons, ainda que Colossus pareça um lutador de luta livre com pele de aço. Parece não ter nenhuma história diferente aparte de ir a procura dos dois X-Men sequestrados (Storm e Forge).