Una cápsula espacial accidentada que contiene información vital de una expedición espacial está contaminando el océano. Tu trabajo es llevar tu submarino a través de un laberinto marino, recolectar todas las piezas de la cápsula, y descubrir el misterio de la expedición espacial.
Mientras navegas con tu submarino frecuentemente causarás estragos entre las criaturas marinas que parecen estar en contra tuya por cualquiera que sea la razón. Para aplacar sus avances agresivos tienes un suministro limitado de perdigones de tinta que puedes dispararles. Un disparo directo los aturdirá y hará que cualquier tipo de vida marina se oculte durante un tiempo limitado, lo cual te permitirá pasar desapercibido hacia tu objetivo. Los perdigones de tinta se vuelven a cargar al final de cada sector cuando entras a una estación de suministros. Debes encontrar y recoger todas las partes de la cápsula en un sector antes de que se te permita la entrada a la estación de suministros.
Aparentemente la expedición está muy mal de fondos porque la única persona con la que pueden contar para las respuestas matemáticas (tú) también tiene que navegar el submarino. Por consiguiente, cada tanto tu progreso será interrumpido para que puedas contestar preguntas relacionadas con las matemáticas desde la base marina flotante. Si contestas de manera incorrecta regresarás a tu exploración con algunos daños. Estos problemas siempre están relacionados con el juego así que nunca te sentirás como si fueras sacado de éste. Para ayudarte a responder tus preguntas tendrás una calculadora a la que puedes darle varios comandos y que automáticamente calculará de acuerdo al orden de las reglas de operación (multiplicación antes de la adición, esa clase de cosas).
Aparte de los problemas aleatorios, también tienes que descifrar el código en los botes de datos que encontrarás para conseguir los datos contenidos. Esto lleva a avances en la historia del juego. También tendrás que resolver problemas aritméticos para poder entrar en la estación de suministros.
El juego tiene dos niveles de dificultad los cuales afecta el tipo de problemas que el juego te da y la agresividad de las criaturas marinas que te atacan. El nivel principiante o "explorer", son para estudiantes de primaria avanzada, y el difícil o "voyager", son mejores para los estudiantes de los primeros niveles de secundaria.
El juego no hace parte de la serie de juegos Super Solver. El año en el que el juego salió, junto con su estilo visual y la integración temática ha llevado a que este juego sea incluido en algunos listados con los demás juegos de "Super Solver" como “Midnight Rescue,” “Treasure MathStorm,” y otros, pero este juego carece de los elementos vitales de la serie. Sin embargo, Operation Neptune es un juego excelente y podría fácilmente encontrar un espacio entre esa colección de juegos.
Operation Neptune es un juego de matemáticas dirigido a edades entre 9-14. El juego tuvo una versión remake para Windows CD-Rom en 1995 con gráficos y sonido mejorados, por si puedes encontrarlo.