Een jaar is verstreken sinds we onze vriend Roger Wilco, de galactische conciërge, voor het laatst hebben gezien. Deze keer moet hij het universum niet redden – maar zichzelf! Het zit er namelijk aan te komen, dat hij een tweederangs arcade-spelletjefiguur wordt. Zijn makers (twee kerels van Andromeda) zijn gekidnappt, en alleen Roger kan ze redden! Uiteraard heeft hij jouw hulp nodig. De tijd gaat namelijk gewoon door...
Het echte spel begint als Roger voor een snelle maaltijd gaat in Monolith Burger, en de nieuwe, verbeterde Astro Chicken Arcade Game ziet. Snel gaat hij spelen... totdat hij een gecodeerd bericht ontvangt van zijn makers, die dringend hulp nodig hebben.
Het spel bevat ook allerlei kleurrijke personages, zoals Arnoid the Terminator Annihilator die gekomen is om dingen weer recht te zetten... (Herinner je je die fruitmachine die je kapot hebt gemaakt in Space Quest 1? Nou, Arnoid is hier om ervoor te zorgen dat dat nooit meer gebeurt. (Of wat er ook kan gebeuren.))
De graphics en muziek in het spel zijn formidabel, en dan hebben we het nog niet eens over het grappige en goede verhaal. Dit maakt deel 2 een waardig lid van de Space Quest-serie.