En X-Men 2, puedes elegir cinco miembros de entre una lista de quince diferentes Hombres-X, luego de lo cual persigues a un par de villanos (específicamente, miembros de Freedom Force - la mayoría de los cuales pertenecían hasta hace poco a la Hermandad de Mutantes Malvados). Una vez que los has capturado te conducen al siguiente nivel. Suena sencillo, pero hay una gran variedad de enemigos que se interponen entre entre tú y los villanos principales. Hay items de salud dispersos a lo largo de los niveles, pero muchos de ellos funcionan únicamente en personajes específicos, y encontrar a los villanos es extremadamente difícil.
El camino hacia tu objetivo algunas veces está bloqueado por trampas (que pueden ser desactivadas por algunos personajes) y paredes. En cada área hay dos villanos, el primero indicándote donde encontrar al otro. Adicionalmente, cada área está dividia en tres niveles.
Existen dos modos de combate: uno por turnos que representa a los enemigos y alliados con retratos y otro en tiempo real estilo arcade en vista lateral donde únicamente controlas al personaje que se encuentra activo. Todos los personajes tienen dos ataques, uno débil y uno fuerte, y algunos pueden atacar desde lejos.
El jugador conduce a los Hombres-X por niveles en forma de laberinto intentando encontrar a los villanos dentro del límite de tiempo de una semana por área (en escala de tiempo del juego), pero que inevitablemente termina en un callejón sin salida. Es aquí donde las habilidades de ciertos personajes entran en juego, tales como destruir muros, teletransportarse, o atraversar materia sólida. El juego implementa un ciclo de día/noche, con el rango de visión del jugador siendo reducido durante la noche.
La generación al azar de niveles y un editor de mapas le dan al juego una alta rejugabilidad.
Los sonidos del parlante de PC son decentes, aunque ocasionalmente se cortan. Los gráficos son mayormente buenos, aunque Coloso parece un luchador con piel de acero. Parece no haber ninguna historia discernible aparte de ir en busca de los dos Hombres-X secuestrados (Tormenta y Forge).
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